Первым клиническую картину целиакии описал греческий ученый Aretaeus во II веке н.э. Его труды содержали общее описание случаев хронической диареи, при этом некоторые характеристики больных позволили предположить, что среди них были и страдающие целиакией. Aretaeus указал на преобладание женщин среди пациентов с хронической диареей и указал на то, что заболевание часто проявляется стеатореей и выраженным метеоризмом, а также характеризуется затяжным рецидивирующим течением. Греческий ученый был первым, кто назвал данное состояние «Morbus coeliacus», т.е. «Чревная болезнь», и указал на возможную роль характера питания в его развитии. 

В XVII-XVIII вв особый интерес исследователей стали вызывать случаи афтозного стоматита и возможные причины его развития. В 1669 г V. Ketelaer детально описал клиническую картину заболевания, называя его «спру», указывая на то, что аналогичные афты могут отмечаться и в кишечнике, приводя к развитию тяжелой диареи.

Самуэль Ги (1839-1911), английский врач больницы Св. Вафоломея и Детского госпиталя в Лондоне, в 1888 г. опубликовал 7 статью под названием «On the coeliac affection», описывая вид хронического несварения, который встречается у лиц всех возрастов, но особенно часто поражает детей от 1 до 5 лет. Автор указывал, что основным симптомом болезни является характерный вид стула, и отметил, что в основе лечения заболевания должна лежать диетотерапия. Однако на тот момент данных для четких рекомендаций по питанию было недостаточно. Интересно, что при описании возможных подходов к диетотерапии, Самуэль Ги описал случай исцеления ребенка, который в качестве основного питания получал устрицы. В 1908 году подробное описание целиакии было представлено в трудах Христиана Гентера, американского терапевта и признанного эксперта в вопросах данной патологии. С тех пор целиакия получила еще одно название «болезнь Ги-Гентера». Основным открытием в работе Гентера явилось наблюдение, что больные целиакией гораздо лучше переносят жировой, а не углеводистый компонент пищи.

В 1920 году Сидней Хаас описал высокую эффективность «банановой диеты» в лечении пациентов с целиакией , после чего данный способ терапии оставался очень популярным на протяжении многих лет. Особенностью данной диеты являлось, в том числе, исключение из рациона хлеба и злаковых продуктов, что, по сути, делало «банановую диету» одним из вариантов безглютеновой. 

Важнейший вклад в изучение целиакии внес голландский педиатр Виллем-Карел Дике. В 1950 г. в своей работе он показал, что исключение из рациона питания детей с целиакией продуктов, содержащих пшеничную или ржаную муку, способствовало значительному улучшению состояния пациентов. Впоследствии Виллем-Карел Дике с коллегами идентифицировали и сам повреждающий фактор в составе злаков, которым оказался глютен . 

Важным этапом развития знаний в области целиакии явилось внедрение Margot Shiner в в 50х годах методики забора биопсии слизистой двенадцатиперстной кишки. Это открытие и последующая разработка капсульной эндоскопии позволили идентифицировать характерные для целиакии повреждения слизистой проксимального отдела тонкой кишки.

В 1969 году на  съезде ESPGHAN были представлены первые критерии диагностики заболевания, основанные на выявлении характерных морфологических изменений, ассоциированных с употреблением в пищу глютенсодержащих продуктов, и их исчезновении при переводе пациента на безглютеновую диету. Алгоритм диагностики в 70- х годах включал 3 обязательных эндоскопических исследования с забором биопсии и проведение глютеновой нагрузки. 

В начале 80-х годов появились сообщения о диагностическом значении высоких титров циркулирующих антител к глиадину. Дальнейшая разработка серологических методов внесла значительный вклад в диагностику заболевания, положив начало активному исследованию атипичных форм и ассоциированных с целиакией патологических состояний. 

Важным этапом в истории изучения целиакии стало открытие Детлеф Шуппан с командой исследователей в конце ХХ века антител к тканевой трансглутаминазе. Появление высокочувствительного маркера сделало возможным проведение массового скрининга среди населения, результаты которого показали, что целиакия, считавшаяся ранее довольно редким заболеванием исключительно детского возраста, является одним из самых распространенных генетически детерминированных состояний с частотой в популяции, достигающей 1%.