Первым этапом диагностики  является определение в сыворотке крови уровня специфических для целиакии антител (серологическое исследование), к которым в настоящее время относят антитела к тканевой трансглутаминазе и антитела к эндомизию. Наиболее доступными для определения в большинстве лабораторий являются антитела к тканевой трансгултаминазе, относящиеся к иммуноглобулинам класса А (антитела к тканевой трансглутаминазе IgA). Повышение уровня этих антител указывает на очень высокую вероятность наличия целиакии. Необходимо отметить, что при первичном обследовании определение уровня антител к тканевой трансглутаминазе IgA всегда необходимо сочетать с исследованием уровня общего иммуноглобулина A сыворотки с целью исключения иммунодефицитного состояния (селективного дефицита IgA), при котором результаты определения уровня антител могут быть ложно отрицательными.

Ранее при подозрении на целиакию широко использовалось определение в крови антител в глиадину, однако в настоящее время данный метод не может считаться абсолютно надежным, поскольку результаты исследования могут оказаться неоднозначными.

В случае выявления повышенного уровня антител к тканевой трансглутаминазе, следующим этапом диагностики является проведение эндоскопического и морфологического исследований с целью окончательного подтверждения диагноза. Морфологическая диагностика осуществляется при исследовании кусочков слизистой двенадцатиперстной кишки (биоптатов), полученных в ходе проведения эзофагогастродуоденоскопии. Учитывая необходимость качественного забора достаточного количества биоптатов для корректного морфологического исследования, окончательное подтверждение диагноза должно производиться в специализированных стационарах, имеющих опыт диагностики целиакии. 

Эндоскопическое исследование с забором биопсии должно быть проведено однократно до начала соблюдения безглютеновой диеты. В дальнейшем при нормализации состояния и исчезновении симптомов заболевания, в случае если диагноз исходно не вызывал сомнений, повторного проведения гастроскопии с забором биопсии обычно не требуется. При этом очень важным является регулярное ежегодное обследование пациентов с определением уровня антител в крови.

Важно помнить, что при соблюдении диеты уровень антител в сыворотке очень быстро начинает снижаться, а структура слизистой постепенно восстанавливаться – в таких случаях постановка правильного диагноза пациенту уже через несколько недель может стать невозможной, при этом диагноз целиакии должен быть установлен однократно на всю жизнь, а безглютеновая диета должна соблюдаться бескомпромиссно и пожизненно.