Современные представления относят целиакию к генетическим заболеваниям человека. С этим связано особое внимание науки к генетике целиакии. 

Благодаря современным технологиям стало возможным детальное изучение структуры молекул главного комплекса гистосовместимости и выделение специфических аллелей, которые участвуют в механизме развития целиакии. Таковыми являются HLA- галлотипы DQ2 и DQ8, которые в обиходе называют «гены целиакии». 

Наличие генетических аллелей молекул DQ2 (Dq A1*0501 DqB1*0201) или DQ8 (Dq A1*0301 DqB1*0302) является необходимым условием развития целиакии, поскольку в их отсутствии невозможно развитие патологического иммунного ответа в слизистой кишечника, приводящего к развитию атрофии ворсинок. При выявлении данных аллелей у пациента диагноз целиакии может быть установлен только при условии одновременного повышения в крови уровня специфических антител (антител к тканевой трансглутаминазе IgA и эндомизию IgA) и подтверждения наличия энтеропатии по данным морфологического исследования биоптата слизистой двенадцатиперстной кишки. Выявление у пациента аллелей DQ2/DQ8 в отсутствии повышения уровня антител и при нормальном строении слизистой не является подтверждением диагноза целиакии, поскольку данные генетические маркеры могут быть выявлены у 36-53% здоровых людей и определяют лишь генетическую предрасположенность к развитию целиакии. 

В соответствии с современными данными, при отсутствии полных молекул DQ2/DQ8 целиакия в редких случаях может развиваться при наличии половинки молекулы например, только Dq A1*0501или DqB1*0201, а также при иных сочетаниях аллелей, например, Dq A1*0201 DqB1*0202 или Dq A1*0501 DqB1*0301. В таких случаях диагноз целиакии правомочен также только при условии одновременного повышения в сыворотке крови уровня антител к тканевой трансглутаминазе IgA и эндомизию IgA и подтверждения наличия энтеропатии по данным морфологического исследования биоптата слизистой двенадцатиперстной кишки. 

В среде исследователей есть мнение, что молекулы HLA-DQ2/DQ8 определяют риск развития целиакии лишь отчасти. Поиск других генетических факторов, ответственных за его развитие, ведется до настоящего времени. Исследования позволили установить возможную связь развития целиакии с целым набором не-HLA генов, которые часто выявляются у пациентов с воспалительными заболеваниями кишечника, инсулинзависимым сахарным диабетом, системной красной волчанкой, ревматоидным артритом и др., что раскрывает одну из возможных причин частой ассоциации целиакии с данными патологическими состояниями. 

Отсутствии вышеуказанных маркеров исключает развитие данного генетического заболевания. Наличие HLA-DQ2 или\и HLA-DQ8 является необходимым, но не достаточным условием для развития целиакии, Повышение в крови уровня антител к глиадину или повреждение слизистой могут иметь иные причины.